掛靠公司開具了發票，施工單位承擔了增值稅，甚至承擔了附加稅費，但是還有企業所得稅，需要雙方協商好。根據《國家稅務總局關于印發的通知》：一、從事建筑安裝業的工程承包人、個體戶及其他個人為個人所得稅的納稅義務人。其從事建筑安裝業取得的所得，應依法繳納個人所得稅。二、關于具體征收方式，對未設立會計賬簿，或者不能準確、完整地進行會計核算的單位和個人，主管稅務機關可根據其工程規模、工程承包合同（協議）價款和工程完工進度等情況，核定其應納稅所得額或應納稅額，據以征稅。而具體核定辦法由縣以上（含）縣級稅務機關制定。