員工被企業扣工資怎么辦?1、協商解決。勞動者與用人單位就勞動糾紛問題直接進行協商，這不是必經程序，雙方可以協商，也可以不協商，完全出于自愿。2、申請調解。當事人就已經發生的勞動糾紛向勞動糾紛調解委員會申請調解的程序。調解程序也由當事人自愿選擇，調解協議不具有強制執行力，如果一方反悔，同樣可以向仲裁機構申請仲裁。3、仲裁處理。當事人將糾紛提交勞動爭議仲裁委員會進行處理的程序，如果想提起訴訟打勞動官司，必須經過仲裁程序，不能直接向人民法院起訴。4、訴訟解決。即我們平常所說的打官司。訴訟程序的啟動是由不服勞動爭議仲裁委員會裁決的一方當事人向人民法院提起訴訟后啟動的程序。二、企業可以代扣工資的情況1、用人單位不得克扣勞動者工資。有下列情況之一的，用人單位可以與員工協商并代扣勞動者工資：(1)用人單位代扣代繳的個人所得稅;(2)用人單位代扣代繳的應由勞動者個人負擔的各項社會保險費用;(3)法院判決、裁定中要求代扣的撫養費、贍養費;(4)法律、法規規定可以從勞動者工資中扣除的其他費用。2、因勞動者本人原因給用人單位造成經濟損失的，用人單位可按照勞動合同的約定要求其賠償經濟損失。經濟損失的賠償，可從勞動者本人的工資中扣除。但每月扣除的部分不得超過勞動者當月工資的20%。若扣除后的剩余工資部分低于當地月最低工資標準，則按最低工資標準支付。在司法實踐中，企業是不得隨意克扣員工的工資的，特別是對于員工的工資待遇是需要在簽訂合同時進行明確認定的，后期如果存在亂扣工資的，員工是可以通過法律手段來維護自身的合法權益的，具體情況結合實際而定。