可以打官司。報銷是在出院或者轉院之后報銷。報沒報新農合醫療報銷，都不影響去向法院起訴的權利，只不過如果當事人要到法院去起訴，就應該去主動退回新農合所報銷了的醫療費用，否則，事后報銷單位也會向當事人追討。《工傷保險條例》第三十三條職工因工作遭受事故傷害或者患職業病需要暫停工作接受工傷醫療的，在停工留薪期內，原工資福利待遇不變，由所在單位按月支付。停工留薪期一般不超過12個月。傷情嚴重或者情況特殊，經設區的市級勞動能力鑒定委員會確認，可以適當延長，但延長不得超過12個月。工傷職工評定傷殘等級后，停發原待遇，按照本章的有關規定享受傷殘待遇。工傷職工在停工留薪期滿后仍需治療的，繼續享受工傷醫療待遇。生活不能自理的工傷職工在停工留薪期需要護理的，由所在單位負責。