員工主張兩年的加班工資合法嗎?合法的，勞動者可以在工作期間內(nèi)提出加班工資的訴訟請求，根據(jù)《中華人民共和國勞動爭議調(diào)解仲裁法》第二十七條規(guī)定：“勞動爭議申請仲裁的時效期間為兩年。仲裁時效期間從當(dāng)事人知道或者應(yīng)當(dāng)知道其權(quán)利被侵害之日起計算。(第4款)勞動關(guān)系存續(xù)期間因拖欠勞動報酬發(fā)生爭議的，勞動者申請仲裁不受本條第一款規(guī)定的仲裁時效期間的限制;但是，勞動關(guān)系終止的，應(yīng)當(dāng)自勞動關(guān)系終止之日起一年內(nèi)提出。”加班工資屬于“勞動報酬”，適用特殊仲裁時效，勞動者在職期間或勞動關(guān)系終止后一年內(nèi)提出加班工資的請求都是符合仲裁時效規(guī)定的。在勞動關(guān)系終止或解除一年之后，勞動者逾期提出加班工資主張的，才受到仲裁時效限制。另外，關(guān)于工資支付憑證保存期為兩年的規(guī)定，不能簡單地理解為限制勞動者主張加班工資的訴訟時效。二、法律依據(jù)《工資支付暫行規(guī)定》第六條規(guī)定：“用人單位必須書面記錄支付勞動者工資的數(shù)額、時間、領(lǐng)取者的姓名以及簽字，并保存兩年以上備查。”根據(jù)工資支付憑證保存期為兩年的規(guī)定，用人單位在這一保存期限內(nèi)負(fù)有保存義務(wù)。用人單位履行了保存工資憑證義務(wù)，僅表明用人單位完全履行了保存期限內(nèi)工資憑證所證明的已支付相應(yīng)勞動報酬這一事實(shí)。而在此兩年期間之前或之后的工資支付義務(wù)(而不是保存義務(wù))并不能當(dāng)然免責(zé)。事實(shí)上，關(guān)于工資憑證在內(nèi)的財務(wù)憑證，財政部頒布的《會計檔案管理辦法》規(guī)定了至少3年最長25年的保管期限。勞動者對加班事實(shí)負(fù)有舉證責(zé)任。在雙方發(fā)生爭議前兩年內(nèi)的加班事實(shí)，勞動者負(fù)有舉證責(zé)任;對爭議發(fā)生之前超過兩年的加班事實(shí)，勞動者也負(fù)有舉證責(zé)任。勞動者盡到法律所要求的舉證義務(wù)，其加班工資的主張就應(yīng)得到支持。在考勤記錄、勞動合同、工資支付憑證、證人證言、工作記錄、用人單位的陳述等證據(jù)都可以用來證明加班事實(shí)是否存在，其證明力是否充分，并不受所謂用人單位工資憑證保存期2年之限。例如，勞動者主張勞動合同終止或解除前第3年的加班工資，提供的證據(jù)包括：勞動合同(約定了勞動者工資)、考勤記錄(載有加班的記錄)、工資單或銀行收入記錄(載明的工資收入未超過勞動合同約定工資)，再加上同事的證人證言，以及同期的有關(guān)加班事實(shí)的工作記錄等等。員工在用人單位存在加班的情況的，可以按照法律規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)來享受加班工資待遇，對于相關(guān)事項的認(rèn)定，可以提交有關(guān)工作的記錄以及工資發(fā)放證明等情況來進(jìn)行合法的處理，如果對相關(guān)情況的處理不清楚的，可以律師來進(jìn)行界定。