員工主張兩年的加班工資合法嗎?合法的，勞動者可以在工作期間內提出加班工資的訴訟請求，根據《中華人民共和國勞動爭議調解仲裁法》第二十七條規定：“勞動爭議申請仲裁的時效期間為兩年。仲裁時效期間從當事人知道或者應當知道其權利被侵害之日起計算。(第4款)勞動關系存續期間因拖欠勞動報酬發生爭議的，勞動者申請仲裁不受本條第一款規定的仲裁時效期間的限制;但是，勞動關系終止的，應當自勞動關系終止之日起一年內提出。”加班工資屬于“勞動報酬”，適用特殊仲裁時效，勞動者在職期間或勞動關系終止后一年內提出加班工資的請求都是符合仲裁時效規定的。在勞動關系終止或解除一年之后，勞動者逾期提出加班工資主張的，才受到仲裁時效限制。另外，關于工資支付憑證保存期為兩年的規定，不能簡單地理解為限制勞動者主張加班工資的訴訟時效。二、法律依據《工資支付暫行規定》第六條規定：“用人單位必須書面記錄支付勞動者工資的數額、時間、領取者的姓名以及簽字，并保存兩年以上備查?！备鶕べY支付憑證保存期為兩年的規定，用人單位在這一保存期限內負有保存義務。用人單位履行了保存工資憑證義務，僅表明用人單位完全履行了保存期限內工資憑證所證明的已支付相應勞動報酬這一事實。而在此兩年期間之前或之后的工資支付義務(而不是保存義務)并不能當然免責。事實上，關于工資憑證在內的財務憑證，財政部頒布的《會計檔案管理辦法》規定了至少3年最長25年的保管期限。勞動者對加班事實負有舉證責任。在雙方發生爭議前兩年內的加班事實，勞動者負有舉證責任;對爭議發生之前超過兩年的加班事實，勞動者也負有舉證責任。勞動者盡到法律所要求的舉證義務，其加班工資的主張就應得到支持。在考勤記錄、勞動合同、工資支付憑證、證人證言、工作記錄、用人單位的陳述等證據都可以用來證明加班事實是否存在，其證明力是否充分，并不受所謂用人單位工資憑證保存期2年之限。例如，勞動者主張勞動合同終止或解除前第3年的加班工資，提供的證據包括：勞動合同(約定了勞動者工資)、考勤記錄(載有加班的記錄)、工資單或銀行收入記錄(載明的工資收入未超過勞動合同約定工資)，再加上同事的證人證言，以及同期的有關加班事實的工作記錄等等。員工在用人單位存在加班的情況的，可以按照法律規定的標準來享受加班工資待遇，對于相關事項的認定，可以提交有關工作的記錄以及工資發放證明等情況來進行合法的處理，如果對相關情況的處理不清楚的，可以律師來進行界定。