因發生沖突主合同與補充協議以哪個為主？以補充協議為準。因為補充協議可以視為合同雙方主體對合同的變更協商一致了，不過這個新的約定一定要明確約定，不能模棱兩可。補充協議中一般都會在尾部寫明“原合同與本補充協議不一致的，以補充協議為準。”值得注意的是，原合同明示不得變更的條款，補充協議中對該條款發生的變更則不發生法律效力。合同補充協議的擬定需要注意幾個必備信息：一是雙方當事人的基本信息需全面具體;二是說明擬定補充協議的原因;三是協議補充的內容或變更的內容。二、補充協議有什么法律效力？補充協議是對原合同的補充或者變更，一般要明確約定，如果補充協議條款與原合同不一致或發生沖突時，應當與補充協議為準，但原合同明示不得變更的條款，補充協議中對該條款發生的變更則不發生法律效力。當補充合同的約定與主合同的約定發生矛盾時，應該以時間在后的約定條款為準執行。所以，補充合同的效力優于主合同的效力。時間在后的約定，實際上是對主合同的原約定的重新修訂，該新約定是補充合同的精要和實質。如果仍以主合同的原條款為準執行，那就失去了補充合同存在的意義。三、合同履行有哪些情況？1.中止履行。債權人分立、合并或者變更住所沒有通知債務人，致使履行債務發生困難的，債務人可以中止履行或者將標的物提存。2.提前履行。債權人可以拒絕債務人提前履行債務，但提前履行不損害債權人利益的除外。債務人提前履行債務給債權人增加的費用，由債務人負擔。3.部分履行。債權人可以拒絕債務人部分履行債務，但部分履行不損害債權人利益的除外。債務人部分履行債務給債權人增加的費用，由債務人負擔。綜合上面所說的，主合同簽訂了之后如果雙方有補償的，那么就可以再重新立一份補償的協議，從而也是對主合同的條款進行變更，因而如果兩者產生了沖突的話，那么就會以最后所立的補充協議辦準，所以，在處理的時候雙方就一定要協商清楚。