跟總公司簽勞動合同工作在分公司合法嗎？這種關系是屬于合法的，根據《民法通則》等法律規定，分公司屬于總公司的分支機構，一般情況下沒有獨.立的法人資格，作出的法律行為必須以總公司的名義，但是依照有關法律規定，依法領取營業執照的分支機構具有獨.立的法律地位，可以以自己的名義對外從事民事法律行為(如中國國有四大銀行各地的分行等等)。根據你說的情況，你所在的公司應該屬于一般情況，因此，針對在分公司工作的員工，應該以總公司的名義與之簽署勞動合同。如果以分公司的名義簽署勞動合同，由于合同主體不適格，合同歸于無效，合同無效即自始無效，相當于沒有簽署勞動合同，后果是可能面臨支付員工雙倍工資。二、勞動合同的作用1、勞動合同是建立勞動關系的基本形式。以勞動合同作為建立勞動關系的基本形勢是世界各國的普遍做法。這是由于勞動過程是非常復雜的也是千變萬化的，不同行業，不同單位合同勞動者在勞動過程中的權利義務各不相同，國家法律法規只能對共性問題做出規定，不可能對當事人的具體權利義務做出規定，這就要求簽訂勞動合同明確權利義務。2、勞動合同是促進勞動力資源合理配置的重要手段。用人單位可以根據深感經營或工作需要確定錄用勞動者的條件和方式數量，并且通過簽訂不同類型不同期限的勞動合同，發揮勞動者的特長合理使用勞動力。3、勞動合同有利于避免或減少勞動爭議。勞動合同明確規定勞動者和用人單位的權利義務，這既是對合同主體雙方的保障又是一種約束，有助于提高雙方履行合同的自覺性，促使雙方正確行使權力，嚴格履行義務。因為勞動合同的訂立和履行有利于避免或減少勞動爭議的發生，有利于穩定勞動關系。綜合上面所說的，分公司是屬于總公司的附屬機構，分公司簽訂的任何合同都需要由總公司進行授權，對于勞動合同只要分公司沒有權利的話，那么是可以直接由總公司簽訂，而且訴訟的主體也是屬于總公司，這樣也是屬于合理、合法的。