企業(yè)的商業(yè)秘密被侵害，有多種途徑進行解決，可以向不同的部門投訴:1.可以根據(jù)雙方簽訂的合同申請仲裁。一般企業(yè)商業(yè)秘密在進行商業(yè)活動的情況下才有可能被他人知曉，其侵權(quán)者涉及合作的另一方，產(chǎn)生爭議的雙方簽訂過相關(guān)的合同，雙方可以選擇仲裁解決。如果僅是簽訂了合同但沒有仲裁條款的約定，那么就不能申請仲裁解決糾紛。仲裁機構(gòu)就該爭議做出仲裁結(jié)果后，屬于一裁終局，不能就同一事實，同一請求再向法院起訴。如果侵權(quán)方是屬于簽訂了勞動合同的員工，該員工在勞動關(guān)系存續(xù)期間，或者勞動者在與用人單位解除勞動合同并簽訂了商業(yè)保密協(xié)議的，勞動者擅自泄露企業(yè)商業(yè)秘密的行為，可以通過仲裁的途徑解決爭議。如果勞動者對仲裁結(jié)果表示不服的，可以在收到仲裁決定書15日內(nèi)向人民法院提起訴訟。2.工商行政部門對企業(yè)的不正當行為有監(jiān)督管理的權(quán)利，受害企業(yè)發(fā)現(xiàn)其他企業(yè)有侵害自己商業(yè)秘密的行為，可以向工商部門投訴。一般縣級以上等工商部門有調(diào)查和監(jiān)督企業(yè)行為的權(quán)利，受害企業(yè)需要向該部門提供有利的證據(jù)證明侵權(quán)企業(yè)存在侵害自己商業(yè)秘密的事實，工商部門進行調(diào)查后，確認該企業(yè)存在不正當行為符合侵害商業(yè)秘密的事實，可以給予罰款和賠償損失的行政處罰。3.直接向人民法院提起訴訟。不論雙方是否簽訂合同，受害方可以根據(jù)侵權(quán)的事實，依據(jù)相關(guān)的法律法規(guī)直接向法院提起訴訟。企業(yè)向法院提交立案材料時，應(yīng)當提交初步的證據(jù)證明侵權(quán)事實，并向被告住所地或者是合同約定等地址。4.協(xié)商解決。天下沒有難事，任何糾紛都可以進行協(xié)商和解。就產(chǎn)生侵害是事實和依據(jù)可以對內(nèi)容、金額進行協(xié)商，其具體的金額主要經(jīng)過雙方確認即可。1)企業(yè)與職工簽訂過保密協(xié)議的，可以就保密協(xié)議約定等違約責(zé)任進行賠償。企業(yè)與員工簽訂保密協(xié)議一般需要注意以下幾點條件:(1)保密協(xié)議的內(nèi)容不得違反相關(guān)法律法規(guī)對強制性規(guī)定;(2)簽訂合同的雙方應(yīng)當具有承擔(dān)相關(guān)責(zé)任的合法資格;(3)合同或者協(xié)議中應(yīng)當對約定等條款和內(nèi)容進行明確說明;(4)雙方是出于自愿且平等的情況下進行簽訂的，沒有存在脅迫或者是威脅原告強制簽訂該協(xié)議書;(5)就保密協(xié)議中約定等保密內(nèi)容如果違約，應(yīng)當承擔(dān)的責(zé)任進行約定。2)一般勞動合同中對于保密協(xié)議的約定可以包含以下幾點內(nèi)容:職工在企業(yè)就職過程當中，不得將公司的商業(yè)機密透露給其他公司，或者公司某項目明確約定該項目嚴格保密的，不得將該機密透露給任何第三人;如果違約員工所應(yīng)承擔(dān)的責(zé)任應(yīng)當明確職工與公司合同期滿后，如果員工與企業(yè)解除合同，則企業(yè)可要求員工不得進入同類型公司工作即競業(yè)協(xié)議，同時企業(yè)應(yīng)當約定對員工給予經(jīng)濟補償。