一、檢察機關不認定醉駕怎么處理?公安機關可以撤銷案件，也可以繼續移送審查起訴。根據《刑事訴訟法》的規定，人民檢察院審查案件，對于需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，補充偵查以二次為限，對于二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。因此，對于人民檢察院退回補充偵查的案件，公安機關如果認為犯罪嫌疑人不構成犯罪，可以撤案。如果認為構成犯罪，證據確實充分的，可以再次移送審查起訴。但是，對于二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。因此，實踐中檢察院認為不構成犯罪的案件，退回公安機關的，公安機關會按撤訴處理。二、法律依據《刑事訴訟法》第一百六十一條：在偵查過程中，發現不應對犯罪嫌疑人追究刑事責任的，應當撤銷案件;犯罪嫌疑人已被逮捕的，應當立即釋放，發給釋放證明，并且通知原批準逮捕的人民檢察院?！缎淌略V訟法》第一百七十一條：人民檢察院審查案件，可以要求公安機關提供法庭審判所必需的證據材料;認為可能存在本法第五十四條規定的以非法方法收集證據情形的，可以要求其對證據收集的合法性作出說明。人民檢察院審查案件，對于需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。對于補充偵查的案件，應當在一個月以內補充偵查完畢。補充偵查以二次為限。補充偵查完畢移送人民檢察院后，人民檢察院重新計算審查起訴期限。對于二次補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，應當作出不起訴的決定。根據司法審理程序的規定，公安機關在對醉駕情況進行調查取證后，需要將有關情況移送到檢察機關進行審查起訴，但如果檢察機關不認定醉駕的，則可以退回公安機關進行補充偵查，此時，公安機關根據實際情況可以作出合法的處理，也可以補充偵查。