一、補充偵查后的處理方式有哪些?對人民檢察院退回補充偵查的案件，原偵查部門應當對案件的事實、證據和定性處理意見進行認真、全面地審查，分析研究人民檢察院退回補充偵查意見，根據不同情況，報縣級以上公安機關負責人批準，分別作如下處理：1、原認定犯罪事實清楚，證據不夠充分的，在補充證據后，應當制作《補充偵查報告書》，移送人民檢察院審查;對有些證據無法補充的，應當作出說明;2、在補充偵查過程中，發現新的同案犯或者新的罪行，需要追究刑事責任的，應當重新制作《起訴意見書》，移送人民檢察院審查;3、發現原認定的犯罪事實有重大變化，不應當追究刑事責任的，應當重新提出處理意見，并將處理結果通知退查的人民檢察院;4、原認定犯罪事實清楚、證據確實充分、人民檢察院退回補充偵查不當的，應當說明理由，移送人民檢察院審查。二、補充偵查的情況有幾種?補充偵查的情況有兩種。即如果是由公安機關偵查終結，人民檢察院審查之后，需要補充偵查時，既可以決定將案件退回公安機關補充偵查，也可以決定自行偵查，必要時可以要求公安機關協助。但是，如果是人民檢察院自行偵查終結的案件需要補充偵查的，則不能退由公安機關補充偵查。人民檢察院審查案件，對于需要補充偵查的，可以退回公安機關補充偵查，也可以自行偵查。對于補充偵查的案件，應當在1個月以內補充偵查完畢。補充偵查以2次為限。補充偵查完畢移送人民檢察院后，人民檢察院重新計算審查起訴期限。對于補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足，不符合起訴條件的，可以作出不起訴的決定。綜上所述，檢察院審查案件，將案件退回公安機關補充偵查的，公安機關應當認真處理案件，經過一個月的審查，處理方式有多種。如果認定犯罪事實清楚，就需要重新移送檢察院審查起訴。而偵查后認定犯罪證據缺失，不足以定罪的，可以撤案。