（1）管轄沖突。嚴格按照普遍管轄原則，各國都享有對國際罪行的刑事管轄權。如果各國均主張對同 一國際罪行的刑事管轄權，應如何確定管轄權？雖然國際公約規定當有關國家之間不能以談判方式解決時，其中任何一方可以交付仲裁或者提交國際法院裁決，但有 些國家在加入國際條約時對這些條款加以保留，因此必然會形成刑事管轄爭端。這種刑事管轄爭端往往導致對國際罪行的懲處久拖不決的現象。作為一種獨具特 色的管轄體系，普遍管轄原則能夠克服世界各國基于國家主權與國際罪行作斗爭的漏洞，但在這種特殊的管轄體系內，是存在優先次序還是并行管轄、不分先后，國 際刑事法規未對此作出規定。有學者研究了普遍管轄權、屬人管轄權、屬地管轄權與保護管轄權的沖突，從權力優先的角度分析，認為解決沖突的是應當優先適用屬地管轄權、屬人管轄權和保護管轄權；同時又認為，僅從普遍管轄本身出發，考慮到便利訴訟原則，對國際罪行享有管轄權的數方可以參照犯罪地國，犯罪人國、受害國、實際控制地國的依次順序決定管轄權的實際歸屬。 （2） 我國刑事法規與國際公法差異。國際公法對國際罪行規定的實體上的差異和程序上的不同，往往導致普遍管轄原則適用的不便。在實體立法上，在些國家既沒有規定 普遍等管轄原則，也未確立相應的罪名體系，從而導致間接適用國際刑法的障礙。我國1979年的刑法典沒有規定普遍管轄原則，當時的國內立法與我國承擔的國 際義務就不相銜接。1987年全國人大常委會通過了《中華人民共和國對于締結或參加的國際條約所規定的罪行行使管轄權的決定》，該決定以刑事特別法的形式 確認普遍管轄原則。1997年的刑法典明文規定了普遍管轄原則，并確立了包含部分國際罪行的分則罪名體系。設立普遍管轄原則的目的是便利對國際罪行的追訴 和審判，維護全人類的共同利益。罪責刑相適應原則是世界各國對刑法理念的基礎性達成共識，但由于價值觀念、法律傳統的差異，各國對國際罪行規定的刑罰輕重 幅度懸殊較大，以致于在審判中往往可能因法律規定的不同，而對同一罪行做出刑罰輕重懸殊極大的判決。 （3）刑事管轄豁免權的限制。外交代表享有外 交待權和刑事管轄豁免權，是國際法上的一項古老規則，同時該規劃也為《維也納外交關系公約》確認。該公約規定，外交代表人身不得侵犯，并不受任何方式的逮 捕或拘禁，外交代表對接受國的刑事等轄享有豁免。由此可見，外交代表在駐在國犯罪時不受駐在國刑法的管轄。外交特權和豁免權始自進入接受國國境前往就任之 時，終于該人員離境之時或聽任其離境的合期間終了之時。外交特權和刑事管轄豁免權構成普遍管轄原則的例外。但濫用外交豁免權已嚴重影響到正常的國際關系，妨礙到普遍管轄原則的適用。從濫用外交豁免權的有關內容來看，涉及到使館館舍、外交人員和外交郵袋。外交豁免與其濫用相互關聯，只要存在外交豁免權，就有可能出現濫用問題。欲完全消除濫用外交豁免權的情形，既不符合現實情況，也不具有理論基礎。對于外交豁免權的問題，應當承認東道國只能通過外交途徑，根據國際公約的有關條款和一般國際規則解決刑事管轄問題。