紀委怎么辦理存疑不起訴的案件?對于存疑不起訴的案件會做出不起訴的決定，同時也會釋放當事人；《人民檢察院刑事訴訟規則》第405條規定，人民檢察院根據刑事訴訟法第171條第四款規定決定不起訴的，在發現新的證據，符合起訴條件的，可以提起公訴。這是檢察機關對存疑不起訴案件保留公訴權的行為規范。二、存疑不起訴能否繼續適用強制措施實踐中有這樣的情況，一些公安機關在檢察機關對存疑不起訴人宣布決定并予以釋放后，立即對其采取監視居住或取保候審等強制措施，目的是為了便于對案件的進一步偵查，便于控制當事人(被不起訴人)。這樣做不妥。理由有三：一是這樣做沒有法律法規乃至司法解釋依據。作為執法機關尤其是司法機關必須嚴格依法辦事，法律未規定的權力不得行使，而作為守法者，法無禁止即可為。二是這樣做不符合“釋放”的本質要求。《刑事訴訟法》第一百七十四條規定，不起訴決定，應當公開宣布，如果被不起訴人在押，應當立即釋放。被釋放意味著獲得自由，而監視居住或取保候審均是對自由的限制。三是這樣做不符合不起訴的法律意義。檢察機關的不起訴決定具有在起訴階段終結刑事訴訟的法律效力，而所謂強制措施，是指公安機關、人民檢察院和人民法院在刑事訴訟過程中，為了保證偵查、起訴和審判工作的順利進行，防止犯罪嫌疑人、被告人、現行犯或重大嫌疑分子逃跑、自殺、隱匿罪證、繼續犯罪或進行其他破壞活動，依法采取的暫時限制其人身自由的強制方法。強制措施適用于刑事訴訟過程中，而不起訴決定的宣布，標志著刑事訴訟的終結，強制措施也就失去了其存在的前提條件。因此，在對存疑不起訴人宣布不起訴決定的同時，應解除對其適用的強制措施。三、案件能否再用偵查權法律和有關司法解釋均未作規定。有人提出應由偵查機關或偵查部門去收集，因為它們熟悉情況，容易發現和收集有關證據，并提出由檢察機關公訴部門將存疑不起訴的案件卷宗材料退還偵查機關或偵查部門，以強化偵查人員的責任感和證據意識。將存疑不起訴案件的卷宗退還偵查機關或偵查部門的做法并不妥當。首先，存疑不起訴的決定是建立在對卷宗證據材料的審查判斷基礎之上的，是對案件的最終處理結論，卷宗是支撐不起訴結論的基礎，兩者是不可分割的，沒有了卷宗材料，不起訴決定就成了空穴來風，不僅不符合檔案管理的要求，而且也不便于對作為復查重點的該類案件的復查。其次，將存疑不起訴案件的卷宗退還偵查機關或偵查部門未必有利于新證據的收集。存疑不起訴案件都經過了一到兩次的退查程序，用足了法定的偵查和審查起訴時限，可以說已盡足了努力，偵查人員的精力也是有限的，不可能光盯著一兩個疑難案件而不做其他工作，事實上存疑不起訴后獲得新證據再起訴的案例并不多見。因此，應由檢察機關來啟動和主導對存疑不起訴案件新證據的收集。在具體操作上，可由檢察機關公訴部門指定專人負責此項工作，定期與偵查機關和偵查人員溝通情況，及時了解相關信息，確定補查事宜。綜合上面所說的，辦理存疑不起訴的案件一般是在執法人員在進行偵查了之后所作的決定，而這個決定一般是由檢察院來進行實施的，但對于紀委在辦理的時候也同樣會根據案件的法律條款來進行處理，這樣才能更好的保障犯罪嫌疑人的合法權益。