隨著時代的發展以及社會觀念的改變，人們的思想發生明顯變化。現今社會男女平等、尊重個人，但是相對而言女性仍然是弱勢群體。在一些公司招新時女性勞動者通過的比例明顯低于男性，因此在勞動法中對女性勞動者會有一些特殊保護。那么，女員工懷孕合同到期怎么處理呢?一、懷孕合同到期了怎么辦?1、為了保障婦女的勞動權利，法律明文規定了對女性勞動權利的保護，特別是針對女職工生理機能的變化，在女職工孕期、產期和哺乳期間給予特殊的保護。根據《勞動合同法》第四十二條的規定，女職工在孕期、產期、哺乳期的，除非具備嚴重違反用人單位規章制度;嚴重失職給用人單位造成重大損害;同時與其他用人單位建立勞動關系，對完成本單位的工作任務造成嚴重影響以及被依法追究刑事責任等自身有重大過錯的法定情形，用人單位不得解除勞動合同。2、《勞動合同法》第四十五條還特別規定，勞動合同期滿，有本法第四十二條規定情形之一的，勞動合同應當續延至相應的情形消失時終止。如果單位不與勞動者續簽，原勞動合同自動續延至哺乳期屆滿，工資待遇按原勞動合同執行，勞動者照樣可以享受到“三期”的特殊待遇。3、根據《勞動合同法》第42條和45條規定，女職工無過錯的情況下，在孕期、產期、哺乳期的，用人單位不得解除勞動合同。勞動合同約定期滿后，應當續延至孕期、產期、哺乳期結束。二、懷孕期間的工資如何發放?(一)、企業公司：1、女職工產假期間享受工資待遇，企業和事業單位不同。企業女職工，如果單位給上了生育保險的，產假期間的工資，由生育保險機構按規定支付。沒有給女職工上生育保險的企業，由企業支付工資。這里說的是基本工資。其他附加工資因各企業經營狀況不同，規定不同，是否計發由企業定。(二)、機關事業單位：機關、事業單位女職工產假期間，根據《人事部關于機關、事業單位女職工產假期間工資計發問題的通知》(1994年2月24日)規定，女職工在國家規定的產假期間，其工資按下列各項之和計發：1.機關實行職級工資制度的人員，為本人職務工資、級別工資、基礎工資與工齡工資;2.機關技術工人，為本人崗位工資、技術等級(職務)工資與按國家規定比例計算的獎金;3.機關普通工人，為本人崗位工資與按國家比例計算的獎金;4.事業單位職工，為本人職務(技術等級)工資與按國家規定比例計算的津貼 (其中，體育運動員，為本人體育基礎津貼與成績津貼)。根據勞動法及相關規定可知在女員工在懷孕時合同到期，公司不可解除勞動合同，需要將合同延期至女員工哺乳期結束，再進行協商解決。女員工在三期期間的工資如果休假則是基礎工資，一般為正常工資的百分之七十到八十。