按照事實清楚、是非分明的原則，在事實尚未查清楚的情況下，即使當事人之間已經達成了調解協議也是不能結案的。在這里，該原則值得商榷：1、它混淆了判決和調解的界限。“調解的含義本身就包括對某些界限不清的事實、責任含糊不究，互諒互讓，以達到既解決糾紛又不傷和氣的目的”。查清事實、分清是非是判決的前提條件，調解和判決二者手段不同、程序不同、當事人行使處分權的范圍不同，其前提條件也應有所區別。2、不利于提高辦案效率，減少訴訟成本。當事人接受調解的目的就是為了縮短訴訟時間，減少訴訟成本，而如果調解必須在“事實清楚、分清是非”的基礎上進行的話，則當事人被迫繼續舉證，法院被迫繼續組織質證、認證，從而增加了當事人的訴訟成本、占用有限的司法資源。3、與民事訴訟法及其它規定相矛盾，違反了民事權利合法自由處分（私法自治）原則。《中華人民共和國民事訴訟法》（以下簡稱《民訴法》）第13條規定：“當事人有權在法律規定的范圍內處分自己的民事權利和訴訟權利”，它肯定了當事人在一定條件下，可以放棄自己的民事權利。而在沒有查清事實、分清是非的情況下，當事人即達成調解協議，正是當事人行使自己處分權的一種表現。因此法院強令當事人不得放棄這一訴訟權利實際上是剝奪了當事人的處分權，同時也是對當事人法律權利的一種侵害。
在法庭上，法院調解必須得在當事人雙方明確的表示同意之后才能進一步開展，即要充分體現私法自治原則，接受調解也是當事人對糾紛解決方式的一種自由選擇，屬于對私權的自由處分。但是在訴訟過程中，由于存在這樣或那樣的因素，導致了我們的訴訟當事人非自愿的尋求糾紛的其他解決方式，如調解。那么是什么原因促使當事人改變了他們提
起訴訟的初衷呢？
1。法院出于對自身利益的考慮積極的謀求當事人接受調解
2。司法效率不高，訴訟成本過高，當事人失去耐心
3。社會其他力量的介入，導致無形壓力的產生
