拖欠運費的主體包括真正的托運人/貨運代理公司/船舶代理公司。運費一般是指海上承運人根據運輸契約完成貨物運輸后從托運人或收貨人處取得的報酬。可能是真正的托運人未付運費，導致拖欠貨運代理公司/船舶代理公司/船公司運費；可能是真正的托運人已經將運費付給貨運代理公司，貨運代理公司未付給船舶代理公司/船公司，相比之下，船舶代理公司收到運費后不支付給船公司的情形比較少見，通常只是延期支付，并且船舶代理公司與船公司之間有代理協議調整，船東與各代理在運費結算過程中實行“代理負責制”，誰攬貨，誰收費，因此關系比較明確。同樣，托運人與貨運代理公司之間，貨運代理公司與船舶代理公司之間也有包括關于運費支付約定的相關協議，因此依據協議內容，直接向欠費方追討是可行的。 只要船舶代理公司向船公司墊付運費，船舶代理公司完全可以直接向欠費方進行追討，而不存在所謂的“訴訟主體不合格”（當然，第一種觀點在實際中也是得到應用的）。預付運費，是否可以理解為托運人與承運人之間的約定呢？這種講法也不太確切，試想運費支付是托運人的義務，除非在托運合同中有明確規定，托運人一般是不會積極而自愿地提前承擔該義務，并且該約定有違反第72條“承運人法定義務”之嫌。總之，有人認為，在貨物裝船或被承運人接收后，只要托運人要求，承運人就應該簽發提單，“付款放單”沒有明確的法律依據支持。但筆者認為，根據《海商法》第72條，從保護承運人角度考慮，可以這樣理解，“承運人應當簽發提單”，但此處對提單并沒有明確的解釋，在預付運費而托運人未付的情況下，可以簽發運費預付但對其進行批注的不清潔提單，影響托運人的結匯，從而達到督促托運人付清運費的目的，同時又符合法律的規定。另一方面理解，“付款放單”，此處的單應該理解為清潔提單，否則不付款，也可以放單，但是不清潔提單。　 　　最高人民法院“關于承運人就海上貨物運輸向托運人、收貨人或提單持有人要求賠償的請求權時效期間的批復（法釋 [1997]3號）”中明確規定“承運人就海上貨物運輸向托運人、收貨人或提單持有人要求賠償的請求權，在有關法律未予以規定前，比照適用《中華人民共和國海商法》第二百五十七條第一款規定，時效期間為一年，自權利人知道或應當知道權利被侵害之日起計算”。那么，該批復是否適用于船舶代理公司呢？船舶代理公司作為承運人的代理人，其在代理范圍內的行為實質就是承運人本身的行為，盡管在對外時可能處于不同的法律地位和不同的法律關系。因此，在法律沒有對此明確規定的情況下，聯系前及對船舶代理公司主張運費權利的闡述，同時根據《海商法》第五十八條、五十九條及六十一條的規定，船舶代理公司作為承運人的代理人能享受與承運人一樣的實體權利，在時效上，應比照適用。　 　　我國《海商法》第二百六十七條規定“時效因請求人提起訴訟、提交仲裁或者被請求人同意履行義務而中斷”，該規定不同于我國《民法通則》對時效中斷的一般規定，《民法通則》規定“訴訟時效因提起訴訟、當事人一方提出要求或者同意履行義務而中斷”。這里的問題是當事人向沒有管轄權的法院提起訴訟，是否能引起訴訟時效的中斷？法律條款對此沒有明確的規定，也沒有相關的司法解釋。有人主張，從法條中看，它并未對“提起訴訟”附加任何限制條件，它所強調的是當事人是否通過訴訟來主張并保護自己的權益這一實體問題，建立時效中斷的目的就在于保護權利人的利益，只要權利人行使了權利即可，不論其正確行使與否，因此只要提起訴訟就應當引起訴訟時效的中斷。這種觀點，權利人可以不受管轄權條件的限制，到任何一個法院去起訴，可以任意的得到訴訟時效的保留，筆者認為這有悖于建立時效制度的根本目的，對義務人來說也是不公平的。建立訴訟時效中斷制度的目的是為了保護雙方當事人的利益，即給予權利人行使其權利的一定期間，同時對其權利的行使并非是無限制的，而是有條件的；這種條件和限制也正是對義務人的保護。應該說從《海商法》第二百六十七條的但書規定看上述問題已經得到解決，該但書明確規定“起訴被裁定駁回的，時效不中斷”。到沒有管轄權的法院起訴，其結果應該是被該法院裁定駁回，然而在實際當中，卻有該法院沒有管轄權，卻仍對該案件實行管轄，并就實體問題作出判決。