商業秘密與專利的方式選擇商業秘密和專利這兩種知識產權既有區別，又有聯系。從二者的不同點來看，主要有以下幾點：第一，權利客體不同。商業秘密根據客體的不同，有技術秘密和經營秘密兩類；專利的客體是發明創造本身，包括發明、實用新型和外觀設計三種。第二，權利主體的可能數量不同。 同一商業秘密可能有多個主體同時存在，只要該主體是合法地獲取商業秘密，就可以合法地享有和他人內容相同的商業秘密權；專利則只能由特定而唯一的主體獨 占，專利權人的獨占權具有法定的排他效力。第三，權利本身的性質有差異。商業秘密是在符合法定構成要件情況下主要通過權利人的保密措施來維護的相對的、事 實上的競爭性權利。專利則是法律賦予專利權人在法定期限內、在法律生效地域范圍內所享有的獨占權，是一種合法的壟斷權。第四，獲得權利的方式不同。商業秘 密是符合構成要件的技術或經營信息自然產生的權利；專利則要由特定主體向國家專利行政主管部門提出申請，經審查符合實質性要件的才授予獨占權。第五，權利 的保護期不一致。專利權的保護期限是固定的，發明專利為20年，實用新型和外觀設計專利為10年，均自申請日起計算；商業秘密的保護期不固定，視權利主體 采取的保密措施、該秘密本身的新穎性程度、侵權行為的方式等而各不相同。第六，在受到侵權后，權利能否恢復不同。商業秘密如果被非法的泄露而導致公開后， 該商業秘密就無法繼續存在了；專利被侵權后，權利本身仍然存在。
除了若干差異以外，商業秘密與專利也有一定的聯系。商業秘密中的技術秘密如果符合專利授權的實質性條件(新穎性、創造性和實用性以及不屬于不 授予專利權的項目)，權利主體向國家專利行政主管機關提出專利申請的，經過審查，授予專利權后技術秘密就轉化為專利。但是這種轉化是單向、不可逆的，即專 利無法轉化為商業秘密。
企業在把握商業秘密與專利關系的基礎上，應根據技術秘密本身的性質、市場應用的前景、所屬專業領域的現有技術水平及發展預測、企業保密的能力和措施等因素，決定采取具體的方式擁有知識產權。
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