當發生醫療事故民事爭議時，當事人可以采取三種方法處理：
1、與醫療機構協商解決
當事人自愿與醫療機構協商解決醫療事故賠償爭議的，應當制作協議書。協議書應當載明雙方當事人的基本情況和醫療事故的原因、雙方當事人共同認定的醫療事故等級以及協商確定的賠償數額等，并且雙方當事人在協議書上簽名。
2、向醫療機構所在地的衛生行政部門提出調解申請
已經確定為醫療事故，并且當事人與醫療機構不愿意協商或者協商不成向衛生行政部門申請調解的，衛生行政部門可以進行醫療事故賠償調解。調解應當遵循當事人自愿原則，賠償數額應當根據《醫療事故處理條例》的規定計算。
經調解，雙方當事人就賠償數額達成協議的，制作調解書，雙方當事人應當履行;調解不成或者經調解達成協議后一方反悔的，衛生行政部門不再調解。
3、向人民法院提起民事訴訟
發生醫療事故后，當事人不愿意協商或者協商不成的，可以不經衛生行政部門調解，直接向有管轄權的人民法院提起民事訴訟，通過法院的判決維護自己的合法權益。
提示：
當事人不是在正規的醫療機構就醫造成人身損害的，不屬于醫療事故范圍，當事人可以直接向公安機關報案，因此產生有關的賠償由受害人直接向人民法院提起訴訟。
二、家屬對患者死因存懷疑怎么辦?
如果患者家屬認為醫生在醫療過程中存在過錯，可先與院方溝通，如院方對自己的過錯予以認可，雙方可就賠償問題進行協商。
如果院方不認可醫療行為存在過錯，患方可向法院提起訴訟，法院會選擇專業鑒定機構對醫療行為是否存在過錯，以及醫療過錯對患者死亡的不良后果應當承擔的責任程度進行鑒定，并得出鑒定結論。
死者死因不明確或者死者親屬對死者死因有異議的，可根據《醫療事故處理條例》，在患者死亡后48小時內，由取得相應資格的機構和病理解剖專業技術人員進行尸檢。具尸體凍存條件的，可延長至7日。
就醫療事故爭議，死者親屬可提請衛生行政部門進行處理，對需要進行醫療事故技術鑒定的，應當交由負責醫療事故技術鑒定工作的醫學會組織鑒定。
醫療事故技術鑒定可作為衛生行政部門處理醫療糾紛案件、作出行政處罰的法定依據，也可在訴訟中作為證據，但不是必然的定案依據。
醫療事故的發生是誰都不想的，但現實中既然已經發生了，當事人就應該積極去處理，以免給自己造成更多的損害。當醫療事故發生時，當事人可以通過上述幾種方式進行處理。但要是想要向法院起訴的話，則一定要了解清楚是否超過了規定的訴訟時效。
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