1、自行協商。醫患雙方可以自主自愿地進行協商處理，所達成的協議只要不是受脅迫所簽或存在重大誤解，其協議是合法有效的。這種處理方式對醫患雙方來說無疑都是最優選擇，不僅利于改善醫患關系，而且醫院的聲譽也不會受到太大影響。
2、行政解決。根據醫療事故處理條例的規定，衛生行政管理部門可以依法對醫患糾紛進行調解。
3、第三種途徑就是司法裁決。但醫療事故引發的醫患糾紛與非醫療事故引發的醫患糾紛的法律適用是不盡相同的，前者需適用醫療事故條例進行裁決，而后者則依照民法通則及相關司法解釋予以裁判。
另外，在醫患糾紛訴訟中，患者在起訴時應注意是否超過了訴訟時效。
（1）按照民法通則第136條第二款的規定，身體受到傷害要求賠償的，患者應當在從知道或應當知道權利被侵犯時起一年內向醫院所在地人民法院提起訴訟，超出訴訟時效后就會失去法律的保護，法院會作出不予受理或駁回起訴的裁判。
（2）醫患雙方的舉證責任不同。根據最高人民法院的民事訴訟證據規則若干規定的規定，醫患糾紛的證據責任分配是責任倒置，具體而言，患者在起訴時應提交在醫院就診治療、遭受損失的事實及具體數額等相關證據材料，而醫院需承擔證明自己在對患者提供醫療服務過程中不存在過錯或過失的充分證據，否則，醫院就需承擔對患者造成經濟損失及精神損害的賠償責任。
（3）應選擇最恰當的法律、法規及有針對性的證據，以支持自己的主張和保護自己的權利。這是因為同一醫患糾紛可能發生法律競合的問題，但依據不同的法律規定，其法律責任可能有較大區別，關鍵是看哪一部法律、法規，哪一具體法律條款對自己更有利。訴訟中應圍繞核心問題進行舉證、質證，可起到事半功倍的效果。
民事訴訟是解決民事糾紛最有效的途徑，也是醫患糾紛的解決方式中最為可取的方式。通過訴訟來解決醫患糾紛這類矛盾不僅能公平公正的劃分出雙方的責任，同時也能避免肢體沖突等刑事犯罪行為的出現，但是為了提高訴訟的勝訴率當事人最好能聘請專業的律師代為訴訟。
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