與背信運用受托財產罪的區別‌：客觀行為上，前者違反國家規定運用公眾資金（如社保基金），后者是違背受托義務擅自運用客戶資金或信托財產；主體上，前者主體為自然人（如機構直接責任人員），后者主體為單位（如金融機構）。
‌與挪用類犯罪（如挪用資金罪）的區別‌：本質行為上，前者屬背信類犯罪，違背法律規定的資金使用義務，后者本質是挪用，需具備“挪用資金歸個人使用”要件；犯罪對象上，前者對象為公眾資金，后者對象為本單位資金；構成要件上，挪用類犯罪要求“歸個人使用”且對資金用途、時間有特定限制，而違法運用資金罪無此要求；主觀方面均需故意，但挪用類犯罪強調“歸個人使用”的目的。
‌與挪用公款罪的區別‌：主體上，前者主體為特定機構人員，后者主體為國家工作人員；對象上，前者為公眾資金，后者限于公款；法律依據上，前者依據刑法第一百八十五條，后者依據刑法第三百八十四條.。‌
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