1、本罪中的“牟利”，一般是指謀取用賬外客戶資金非法拆借、發放貸款所產生的非法收益，如利息、差價等。對于用款人為取得貸款而支付的回扣、手續費等，應根據具體情況分別處理：銀行或者其他金融機構用賬外客戶資金非法拆借、發放貸款，收取的回扣、手續費等，應認定為“牟利”；銀行或者其他金融機構的工作人員利用職務上的便利，用賬外客戶資金非法拆借、發放貸款，收取回扣、手續費等，數額較小的，以“牟利”論處；銀行或者其他金融機構的工作人員將用款人支付給單位的回扣、手續費占為己有，數額較大的，以貪污罪或者職務侵占罪定罪處罰；銀行或者其他金融機構的工作人員利用職務便利，用賬外客戶資金非法拆借、發放貸款，索取用款人的財物，或者非法收受其他財物，或者收取回扣、手續費等，數額較大的，以受賄罪或者公司、企業人員受賄罪定罪處罰.。
2、區分罪與非罪的界限。構成用賬外客戶資金非法拆借、發放借款罪必須具備兩個條件，一是要有造成重大損失的結果，二是要有牟利的目的，不具備這兩個條件，不能構成犯罪；。