1、本罪與非罪的界限

串通投標罪與串通投標違法行為的界限，關鍵在于該行為的情節嚴重與否，情節嚴重者構成犯罪，否則不以犯罪論，對于何為情節嚴重，最高法院已做出司法解釋。在認定情節嚴重與否時，應當考慮犯罪手段是否惡劣、是否屢教不改、行為的結果及社會影響等因素，作出綜合判斷。

2、本罪與賄賂罪牽連行為的認定

在行為人犯串通投標罪的同時，往往可能牽連犯有賄賂罪、侵犯商業秘密罪等罪名，如投標人賄賂招標人許以特定經濟利益，誘使其泄露標底，或者招標人接受賄賂，泄露標底等商業秘密。由此可見，基于本罪特點，往往可能出現牽連犯罪的情況。對于此種牽連犯罪行為，因無法律的特別規定，應依法理，適用以一重罪處斷為宜。。