1、本罪既遂與未遂的界限。本條增加了投放危險物質這種行為方式。對投放危險物質行為直接適用本條之規定。故只要行為人實施的投放危險物質行為危害了公共安全，即便尚未造成嚴重后果，也構成投放危險物質罪的既遂.。如果已經造成致人重傷、死亡或者公私財產的重大損失的嚴重后果，則應依照本法第115條規定處罰.。

2、本罪與以投放危險物質為手段的行為的區別。不論在何種場合投放危險物質，投放危險物質行為的具體指向如何，只要行為人明知自己的投放危險物質行為會引起不特定多人或者不特定多禽畜中毒傷亡，并且希望或者放任這種結果發生，就應以投放危險物質罪論處。如果投放危險物質行為只是指向特定的個人、特定個人家庭飼養的禽畜、承包的魚塘等，并有意識地將損害結果限制在這個局部范圍內，不足以危害公共安全的，不應定投放危險物質罪.。應根據實際情況，構成什么罪就定什么罪，如故意殺人罪、故意毀壞財物罪、破壞生產經營罪等.。

3、本罪與危險物品肇事罪的界限。如果行為人違反毒害性物品管理規定，也可能造成人身傷亡的嚴重后果.。但這種罪是在生產、儲存、運輸、使用中發生的重大事故，且只能由過失構成；而投放危險物質罪則不受這個范圍的限制，在主觀上表現為故意.。

4、本罪與環境污染行為的界限。環境污染，是指工廠、企業、事業和科研單位違反《中華人民共和國環境保護法》的規定，任意排放超過國家規定標準的有害物質，嚴重污染環境，危害人民健康，破壞自然資源，在規定的期限內能治理而不治理的行為。這種行為的危害后果，有時雖與投放危險物質罪相似，但行為產生的原因和表現形式，與投放危險物質罪是不同的。。