1、正當(dāng)?shù)淖诮绦叛雠c封建迷信的界限
宗教是社會(huì)意識(shí)形態(tài)的一種表現(xiàn)，而封建迷信是用以騙人的裝神弄鬼、古卦算命、畫(huà)符念咒等騙術(shù).。對(duì)于封建迷信不能視為宗教活動(dòng)，應(yīng)予以取締。尤其是神漢、巫婆利用封建迷信造謠惑眾，騙取錢(qián)財(cái)?shù)?，?yīng)依法予以懲處
2、正常的宗教活動(dòng)與非正常的宗教活動(dòng)的界限
非正常的宗教活動(dòng)是指利用宗教活動(dòng)干預(yù)國(guó)家行政、司法、教育的行為，是國(guó)家法律所不允許的。如果行為人干涉、禁止這樣的所謂宗教活動(dòng)則沒(méi)有造成對(duì)法律保護(hù)的公民宗教信仰自由權(quán)利的侵犯，而且是維護(hù)國(guó)家法律的行為，因此不構(gòu)成犯罪。
3.本罪與一般違法行為的界限
根據(jù)本條規(guī)定，國(guó)家機(jī)關(guān)工作人員以暴力、脅迫或其他手段。非法剝奪公民宗教信仰自由，情節(jié)嚴(yán)重的，構(gòu)成非法剝奪宗教信仰自由罪。這里，“情節(jié)嚴(yán)重”是行為人構(gòu)成犯罪所必不可少的客觀要件。所以，司法實(shí)踐中，一定要注意分清是國(guó)家機(jī)關(guān)工作人由于工作方法簡(jiǎn)單粗暴或政策水平低所引起的一般侵犯他人宗教信仰自由權(quán)的行為，還是具有非法剝奪、干涉他人宗教信信仰自由的故意而實(shí)施的手段惡劣的或是危害結(jié)果嚴(yán)重的犯罪行為.。這就需要嚴(yán)格依據(jù)法律的規(guī)定，來(lái)判斷行為人的行為是否具有構(gòu)成本罪的全部要件，如有任一要件不符合，則不能認(rèn)定為此罪。對(duì)于一般工作上的問(wèn)題，可通過(guò)總結(jié)經(jīng)驗(yàn)、批評(píng)教育、向被害人賠禮道歉、賠償損失等方式來(lái)解決；構(gòu)成犯罪的，應(yīng)該嚴(yán)肅執(zhí)法，依法追究行為人的刑事責(zé)任。
4、本罪與非法拘禁罪的界限
（1）主體不同，非法剝奪公民宗教信仰自由罪要求行為人必須具備國(guó)家機(jī)關(guān)工作人員的身份，而非法拘禁罪的主體則為一般主體.。所以，不具有國(guó)家機(jī)關(guān)工作人員身份的一定不能構(gòu)成非法剝奪公民宗教信仰自由罪.。
（2）犯罪的主觀方面，非法剝奪公民宗教信仰自由罪行為人明知自己是在非法剝奪他人宗教信仰自由，卻故意實(shí)施；非法拘禁的行為人則是明知?jiǎng)儕Z他人人身自由是非法的行為而故意為之。兩罪行為人主觀上認(rèn)識(shí)的內(nèi)容不同，追求的結(jié)果也不同.。
（3）犯罪的客觀方面不同，非法剝奪公民宗教信仰自由罪的行為人除了對(duì)人身自由的直接限制、剝奪外，還表現(xiàn)為毀壞宗教設(shè)施、散播污辱性的言論等各種力式，非法拘禁罪表現(xiàn)為行為人拘留、禁閉或者其他強(qiáng)制方法，但都是直接作用于被害人的人身的方法。。