本罪與走私罪的界限
這兩罪有著本罪的區別，一是侵犯的客體不同，組織他人偷越國（邊）境罪侵犯的客體是國家對國（邊）境的正常管理秩序；而走私罪侵犯的客體是國家的對外貿易管理制度，其走私的對象是指國家禁止、限制進出口的任何物品，二是客觀方面有所不同。前者是非法組織他人偷越國（邊）境；而后者則是非法攜帶、運輸國家禁止、限制進出口的物品進出國（邊）境。二者相同點是都是非法進出國（邊）境，兩罪從構成特征上看不難區分，但司法實踐中存在著以走私為目的，組織他人偷越國（邊）境的行為，對此如何處理，我們認為，走私是目的行為、組織他人偷越國（邊）境是為達到走私目的的手段行為，根據本法關于牽連犯的處罰原則，應以其所犯罪行中的重罪論處。
本罪與運送他人偷越國（邊）境罪的界限
組織他人偷越國（邊）罪在客觀方面表現為通過拉攏、串連、誘使、煽動等方式，有組織、有計劃地安排他人偷越國（邊）境的行為；而運送他人偷越國（邊）境罪在客觀方面則表現為，行為人采用步行的方式陪伴偷渡者或者用車輛、船只、航空器等交通運輸工具將偷渡者帶出或者運送出入國（邊）境的行為。因而，如果行為人組織了一批人偷越國（邊）境后，又運送另一批人偷越國（邊）境的，則具備了兩種犯罪的構成要件，應以組織他人偷越國（邊）境罪和運送他人偷越國（邊）境罪兩個罪名，實行數罪并罰；但如果行為人既組織、又運送同一批人偷越國（邊）境的，則屬刑法理論中的牽連行為，根據牽連犯“從一重罪處斷”的原則，以組織他人偷越國（邊）境罪論處；對于直接參與組織他人偷越國（邊）境而分工負責運送的，亦應以組織他人偷越國（邊）境罪定罪量刑。
本罪與偷越國（邊）境罪的界限
1、犯罪主體不同。組織他人偷越國（邊）境罪的主體盡管是一般主體，但實際上、只有偷越國（邊）境犯罪活動的組織者，即從事組織他人偷越國（邊）境犯罪活動的“蛇頭”，才能構成組織他人偷越國（邊）境罪；而偷越國（邊）境罪的犯罪主體在立法上無任何特殊要求，只要是達到刑事責任年齡、具備刑事責任能力，實施了偷越國（邊）境行為的自然人，均可成為偷越國（邊）境罪的犯罪主體.。所以，如果不是從事組織他人偷越國（邊）境犯罪活動的“蛇頭”有組織、有計劃地煽動、拉攏、串連、動員、安排他人偷越國（邊）境，而是在共同偷越國（邊）境的過程中，出于江湖義氣或親友私情，為個別偷越國（邊）境的人員提供有關幫助的行為，不構成組織他人偷越國（邊）境罪，其中情節嚴重者，以偷越國（邊）境罪的共犯處理.。
2、犯罪客觀方面的表現形式不同。組織他人偷越國（邊）境罪在客觀方面表現為，以抗攏、串連、誘使、煽動等方式，有組織、有計劃地安排他人偷越國（邊）境的行為；而偷越國（邊）境罪在客觀方面則表現為，違反國（邊）境管理法規，偷越國（邊）境的行為。。