1、罪與非罪的界限

在認定某種行為是否構成劫持船只、汽車罪時，主要應把握該行為是否具有相當嚴重的社會危害性，是否具備本條規定的劫持船只、汽車罪的構成要件。如果行為人沒有使用暴力、脅迫和其他方法，或者沒有劫持船只、汽車，或者劫持的不是船只、汽車的，都不構成本罪。特別要注意把劫持船只、汽車罪同正當的執行公務行為、緊急避險行為等區別開來.。劫持船只、汽車罪中的劫持應是非法的，而不是合法的，如果行為人出于合法目的而強行使用船只、汽車的，不構成劫持船只、汽車罪.。

2、本罪與破壞交通工具罪的界限

本罪與破壞交通工具罪都是故意犯罪，侵犯的客體都是交通運輸安全，但有明顯區別：

（1）犯罪客觀方面不同。劫持船只、汽車罪的行為人通常采取暴力、脅迫或者其他方法劫持船只、汽車，且一般是在船只、汽車內公然實施的；破壞交通工具罪的行為人通常是采取盜竊、爆炸等手段破壞船只、汽車等交通工具，一般容易導致船只、汽車等交通工具的傾覆或者毀壞，且多是秘密實施的。

（2）犯罪對象不同。劫持船只、汽車罪的犯罪對象僅限于船只、汽車；破壞交通工具罪的犯罪對象則不限于船只、汽車，還包括火車、航空器等。

（3）犯罪主觀方面不同.。劫持船只、汽車罪的行為人也可能對船只、汽車進行破壞，但其犯罪目的不是為了使船只、汽車發生傾覆或毀壞危險，而是為了劫奪和控制船只、汽車；破壞交通工具罪的行為人是通過破壞船只、汽車等交通工具而使船只、汽車等交通工具傾覆或毀壞.。

3、本罪與搶劫罪的界限

兩罪的主體都為一般主體，主觀方面都是出于故意，客觀方面都可表現為暴力、脅迫或者其他方法，但兩者還是具有以下本質區別：

（1）主觀目的完全不同。本罪的行為意在控制船只、汽車按自己的意圖行駛；而搶劫罪的目的在于非法占有財物。

（2）所侵犯的客體不同，本罪所侵害的客體為公共安全，包括交通運輸安全和不特定乘客的生命健康安全；而搶劫罪的客體則是公私財物的所有權和特定公民的人身健康權利.。

（3）所侵犯的對象不同.。本罪的對象僅限于船只和汽車，而搶劫罪的對象則包括船只、汽車在內的一切有形的動產，對象比本罪廣泛得多。

（4）在客觀方面表現不完全相同.。本罪由于意在控制船只、汽車，一旦達到其目的，往往會離船、離車而去，或者將所劫船只、汽車予以毀壞；而搶劫罪由于意在占有所動之物，通常就會在一段時間繼續使用或出賣所劫船只、汽車.。如果行為人出于非法占有的目的，劫取正在使用中的船只、汽車，其行為量同時觸犯本罪，但無需數罪并罰。如果查不清行為人的具體目的，則可以本罪論處。。