（一）罪與非罪

雖然非法制造、買賣、運輸、儲存危險物質沒有情節嚴重才構成犯罪的規定，但是，并非一經實施了非法買賣、運輸、儲存危險物質的行為，就無例外地構成犯罪，對于情節顯著輕微的非法買賣、運輸、儲存危險物質的行為，不宜按犯罪論處.。應當指出的是，本條規定的“非法制造、買賣、運輸、儲存毒害性、放射性、傳染病病原體等物質”的主體是依照國家規定不具備制造、買賣、運輸、儲存上述物質資格的自然人或者單位。區分罪與非罪的界限是看其行為是否危害公共安全。這是考慮到有的毒害性物質涉及范圍很廣，如日常生活中民間使用相當廣泛的滅鼠藥等。實踐中，未經批準少量制造用以滅鼠雖屬非法，但不一定危害公共安全。其中，情節顯著輕微危害不大的，可適用《刑法》第十三條的規定，不以犯罪處理。考慮到有的毒害性物質范圍很廣，如日常生活中民間使用相當廣泛的老鼠藥等。不具備制造資格的自然人或者單位少量制造用以滅鼠雖屬非法，但也不一定危害公共安全.。因此，不一定要定罪處罰。可適用刑法第十三條的規定，以情節顯著輕微危害不大，不認為是犯罪處理.。

（二）非法制造、買賣、運輸、儲存危險物質罪與危險物品肇事罪、傳染病菌種、毒種擴散罪的區分

非法制造、買賣、運輸、儲存毒害性、放射性、傳染病病原體等物質罪與危險物品肇事罪、傳染病菌種、毒種擴散罪等的主要區別在于犯罪主觀方面不同。非法制造、買賣、運輸、儲存毒害性、放射性、傳染病病原體等物質罪的主體是依照國家規定不具備制造、買賣、運輸、儲存上述物質資格的自然人或者單位，主觀上表現為故意犯罪.。危險物品肇事罪、傳染病菌種、毒種擴散罪的主體是依照國家規定取得制造、買賣、運輸、儲存毒害性、放射性、傳染病病原體等物質資格的人或單位，主觀上表現為過失犯罪.。如醫療、科研教學和生產廠家，如果在生產、儲存、運輸、使用中違反管理規定，發生重大事故造成嚴重后果，不構成非法制造、買賣、運輸、儲存毒害性、放射性、傳染病病原體等物質罪，而應依照刑法第一百三十六條危險物品肇事罪、第三百三十一條傳染病菌種、毒種擴散罪追究刑事責任。

（三）非法制造、買賣、運輸、儲存危險物質罪與走私毒害性、放射性、傳染病病原體等物質罪的界限

走私毒害性、放射性、傳染病病原體等物質罪是指違反海關法規，逃避海關監管、非法運輸、攜帶、郵寄毒害性、放射性、傳染病病原體等物質進出國(邊)境的行為.。兩者在客觀行為方式及行為對象上有相似之處，但也有明顯區別：

（1）侵犯的客體不同。本罪侵犯的客體是公共安全和國家對毒害性、放射性、傳染病病原體等物質罪的管理制度;走私毒害性、放射性、傳染病病原體等物質罪侵犯的客體是國家對毒害性、放射性、傳染病病原體等物質罪的對外貿易管制。

（2）客觀方面不同。本罪表現為非法制造、買賣、運輸、郵寄、儲存毒害性、放射性、傳染病病原體等物質罪的行為，其中的買賣、運輸、郵寄必須是在境內非法買賣、運輸、郵寄上述物品；走私毒害性、放射性、傳染病病原體等物質罪在客觀方面表現為違反海關法規，逃避海關監管，運輸、攜帶毒害性、放射性、傳染病病原體等物質罪出國(邊)境的行為.。為走私而違反我國的對外貿易管制，逃避海關監管或邊防檢查，非法運輸毒害性、放射性、傳染病病原體等物質進出國（邊）境的，則構成走私毒害性、放射性、傳染病病原體等物質罪。

（3）主觀故意不同.。如果明知是走私進口的毒害性、放射性、傳染病病原體等物質而直接向走私人購買，或者明知是走私人購買毒害性、放射性、傳染病病原體等物質進行走私出口而賣給走私人毒害性、放射性、傳染病病原體等物質，或者在內海、領海收購、販賣毒害性、放射性、傳染病病原體等物質，沒有合法證明的，則不構成本罪，應以走私毒害性、放射性、傳染病病原體等物質罪論處。.。