（一）本罪與非罪的界限

認定本罪一看行為人的行為是否違反規章制度。如果行為人的行為是照章行事的，不違反規章制度，即使發生重大事故，致人重傷、死亡或者使公私財產遭受重大損失，也不構成犯罪。二看是否造成了嚴重后果。行為人雖然違反了規章制度，但未造成嚴重后果的，不構成犯罪。三看違章行為與嚴重后果之間是否有因果關系。即使在行為人的違章行為之后，發生了重大事故，但不是行為人的違章行為引起的，二者之間沒有因果關系，不構成犯罪。四看行為人主觀上有無過失.。如果行為人主觀上既無故意，又無過失，嚴重后果是由于不能預見或者不可抗拒的原因引起的，屬于意外事件。

（二）本罪與暴力危及飛行安全罪的界限

兩者都是與飛行安全有關的犯罪，其主要區別在于：

（1）犯罪主體不同。重大飛行事故罪的犯罪主體是特殊主體，僅限于航空人員，暴力危及飛行安全罪的犯罪主體是一般主體，而且實踐中一般為航空人員以外的人.。

（2）犯罪客觀方面不同。重大飛行事故罪表現為航空人員違反規章制度，發生重大飛行事故，造成嚴重后果的行為；暴力危及飛行安全罪則表現為對飛行中的航空器上的人員使用暴力，危及飛行安全的行為.。

（3）構成犯罪的要求不同。重大飛行事故罪要求行為人實施違章行為之外，還必須發生特定的重大飛行事故或嚴重后果，方可構成犯罪；暴力危及飛行安全罪是危險犯，犯罪的成立并不要求出現實際的嚴重后果，只要對飛行中的航空器上的人員使用暴力，危及飛行安全的，即可構成犯罪，如果出現了實際的嚴重后果，則構成結果加重犯，在較重的量刑檔次內裁量刑罰。

（4）犯罪主觀方面不同.。重大飛行事故罪是過失犯罪，在主觀方面表現為過失；暴力危及飛行安全罪是故意犯罪，在主觀上表現為故意。

（三）本罪與過失損壞交通工具罪的界限

它們都是過失犯罪，都會造成一定的嚴重后果并以此作為構成犯罪的必備要件，它們的主要區別：

（1）犯罪主體不同。前者的犯罪主體是特殊主體，僅限于航空人員；后者的犯罪主體是一般主體.。

（2）發生嚴重后果的原因不同。前者發生的原因是由于航空人員違反規章制度，實施了違章行為；后者發生的原因則是由于行為人實施了對交通工具、交通設施的損壞行為.。

司法實踐中，航空人員在工作中過失損壞航空器的重要部件或機場重要設施，叢而發生重大飛行事故，造成嚴重后果的，應視行為人的過失損壞行為是否違反規章制度而定.。如果違反了規章制度，則應是重大飛行事故罪；如果沒有違反規章制度，則應定為過失損壞交通工罪或過失損壞交通設施罪。

（四）本罪與重大責任事故罪的界限

兩者都是過失犯罪，都實施了違反規章制度的行為，并且以發生重大事故，造成嚴重后果作為構成犯罪的必備條件。兩主要區別在于：

（1）犯罪主體不同.。盡管兩者都是特殊主體，重大飛行事故罪的犯罪主體僅限于航空人員；重大責任事故罪的罪主體則只能是工廠、礦山、林場、建筑企業或其他企業、事業單位的職工以及群眾合作經營組織或個體經營戶的從業人員.。

（2）發生的場合不同。重大飛行事故罪發生在航空器的飛行過程中，而重大責任事故罪則發生在生產、作業過程中。。