在執法辦案過程中，應注意區分該指導意見第1條規定 （ 《關于依法懲治妨害公共交通工具安全駕駛違法犯罪行為的指導意見》（公通字〔2019〕1號） 第1條第1款規定：“乘客在公共交通工具行駛過程中，搶奪方向盤、變速桿等操縱裝置，毆打、拉拽駕駛人員，或者有其他妨害安全駕駛行為，危害公共安全，尚未造成嚴重后果的，依照刑法第一百一十四條的規定，以以危險方法危害公共安全罪定罪處罰；致人重傷、死亡或者使公私財產遭受重大損失的，依照刑法第一百一十五條第一款的規定，以以危險方法危害公共安全罪定罪處罰。”） 的以危險方法危害公共安全罪與本條規定的妨害安全駕駛罪的關系。
鑒于《刑法》第114條規定的以危險方法危害公共安全罪是重罪，該罪中的“其他危險方法”應當與放火、決水、爆炸、投放危險物質具有相當的危害公共安全的程度，而通常情形中妨害安全駕駛的行為不具有如此嚴重的社會危害性。因此， 實踐中，對于行為的社會危害性和行為人的主觀惡性均不大的妨害安全駕駛行為應當按照本罪進行處理.。對于個別情況下， 行為人妨害公共交通工具安全駕駛行為的社會危害性和行為人的主觀惡性均較大，判處1年有期徒刑明顯偏輕，符合《刑法》第114條規定的，可以按照以危險方法危害公共安全罪立案偵查.。。