（一）區分本罪與非罪的區別

區分本罪與非罪的界限關鍵在于是否足以造成嚴重食物中毒事故或者其他嚴重性食源性疾患.。如果行為人生產、銷售不符合衛生標準的食品，不足以造成嚴重食物中毒事故或者其他嚴重食源性疾患，且銷售金額在五萬元以下，應不構成犯罪，屬一般違法行為。但是銷售金額在五萬元以上的，構成生產、銷售偽劣產品罪。

（二）區分本罪與生產、銷售偽劣產品罪的區別

行為人既構成生產、銷售不符合衛生標準的食品罪，又構成生產、銷售偽劣產品罪的，按處罰重的罪論處。如果行為人生產、銷售不符合衛生標準的食品，沒有造成法定的危害結果，但銷售金額在五萬元以上的，也構成生產、銷售偽劣產品罪。兩罪有如下不同：

1、侵犯的客體不同。前者侵犯了國家食品衛生管理制度和公民的健康權、生命權；而后者則侵犯了國家產品質量監督管理制度和消費者的合法權益。

2、犯罪對象不同。前者的犯罪對象僅限于不符合衛生標準的食品，而后者的范圍比較廣泛.。

3、構成犯罪的標準不同.。前者是危險犯，只要足以造成嚴重食物中毒事故或者其他嚴重食源性疾患即可構成，而后者則是數額犯，即生產、銷售偽劣產品罪的構成要求“銷售金額在五萬元以上”.。

（三）區分本罪與重大責任事故罪和玩忽職守罪的區別

兩者區別的關鍵在于：重大責任事故罪和玩忽職守罪是過失犯罪，對食品不符合衛生標準在主觀上是不明知的，而生產、銷售不符合衛生標準的食品罪是故意犯罪，行為人對食品不符合衛生標準在主觀上處于明知狀態。。