（一）本罪與非罪的區別

依本條之規定，生產、銷售偽劣農藥、獸藥、化肥、種子，只有使生產遭受較大損失的，才構成本罪。如果沒有使生產遭受較大損失的，就不構成本罪。另外，行為人生產、銷售偽劣農藥、獸藥、化肥、種子，雖沒有使生產遭受較大損失的，但銷售數額在五萬元以上的，應按生產、銷售偽劣產品罪定罪處罰。生產、銷售偽劣農藥、獸藥、化肥、種子，構成生產、銷售偽劣農藥、獸藥、化肥、種子罪，同時又構成生產、銷笛偽劣產品罪的，依照處罰較重的規定處罰。

（二）本罪與破壞生產經營罪的區別

認定本罪要注意與破壞生產經營罪的區別。其主要是：（1）本罪一般是出于非法牟利的目的，后罪則是出于泄憤報復或者其他個人目的；（2）本罪在客觀方面一現為生產、銷售偽劣農藥、獸藥、化肥、種子并使生產遭受較大損失的行為。。