醫療并購基金可以通過資本注入降低企業負債，即實現資產負債表的重置，或叫資本結構調整。醫療并購基金的注入使負債累累的企業去杠桿化、大幅度降低債務成本，給予企業喘氣、生存和休整的機會。這樣的“資本重置”過程往往能幫助企業提升效益、獲得資本市場更好的估值。
二、“資產重組”獲利于1+1>2或3-1>2
醫療并購基金可以參與企業的資產梳理、剝離、新增等一系列活動，給企業組建一個新的、被認可的資產組合，然后通過并購進行轉讓，以這種方式來實現收益。
三、“改善運營”法
很多時候醫療并購基金不是單純靠資本的注入來實現投資回報，而是通過指導和參與所投資企業的日常運營，提升企業的經營業績最終獲得收益。這類盈利模式是國際醫療并購基金中最常見的。通過引入新的CEO和高管團隊、推動新的發展戰略、提升運營效能等等，企業在兩三年內經營業績如果能實現大幅度改善，那無論是“二次上市”還是賣給下一個投資者或基金，這時的企業價值可能翻了幾倍。當然，改善運營還可以通過大規模的橫向并購形成“市場控制力”降低惡性競爭；也可以通過上下游企業的“縱向并購”降低運營成本。
四、通過“稅負優化”獲利
一般來說，稅前的債務成本比股權成本要低；如果債務利息成本又享受免稅，那么這又降低了稅后債務成本。因此，醫療并購基金也可以人為地增大所投資企業的杠桿，以此獲得稅負優化。如果允許采用固定資產加速折舊，那么這樣組合起來的高杠桿和高折舊，通常會給并購后的企業帶來可觀的短期收益。當醫療并購基金是實際的企業控制者的時候，分紅政策也由并購基金說了算，那么連續幾年的快速分紅會給基金帶來不錯的回報。
五、“過程盈利”法
因為任何一宗大型的并購案都會涉及到“交易結構設計”，這包括并購交易的支付方式可以是現金、可以是換股、可以是帶有“對賭”性質的付款條約；交易結構設計還包括了融資工具的選擇。隨著并購融資工具或者并購支付工具的增多，這樣并購基金在操作過程中能夠通過不同的并購工具來實現收益增值或收益放大。
六、“公司改制”獲利法
這是一個很具中國特色的并購基金獲利方法，即通過并購基金的介入，打破原來“純國有”或“純家族”的公司治理結構，通過建立更科學合理的董事會、公司治理系統、激勵體系等，從源頭上改變企業的行為方式和企業文化等，以期獲得更佳的經營業績回報。
醫藥企業之所以選擇通過醫療并購基金來進行投資，通過醫療并購基金可以調整企業結構，進行產權優化，其目的就在于期望能夠獲得巨大的收益，那么醫藥企業并購首先需要了解醫療基金并購的獲利模式，正確選擇盈利模式才能夠使企業獲得更大的利益。
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