一、如何認定侵犯商業秘密罪
(一)關于罪與非罪的認定
1.關于侵犯的對象是否為“商業秘密”的認定上文對商業秘密概念和范圍進行了簡單概括，雖然以范圍列舉的方式已經很明確具體，但關于“商業秘密”認定還存有一定爭議，包括時代發展中出現的各種新的不同形式商業秘密的認定，例如關于網絡中有關數據資料的認定;還包括技術信息的關鍵組成部分、技術信息組成部分的組合但不是技術信息整體是否構成商業秘密等。
2.關于侵犯商業秘密罪行為方式的認定困境是否實施了本罪規定的危害行為是認定構成本罪的行為條件，在認定行為方式中刑法將其援引到了《反不正當競爭法》的規定，但是由于我國《反不正當競爭法》也已實施多年，不但具有滯后性，不能窮盡現實中所有侵犯商業秘密的行為方式，在規定的行為方式上也缺乏經濟領域與刑事領域區別。
3.侵犯商業秘密是否構成“重大損失”的認定是否屬于“重大損失”關系到侵犯商業秘密是否構成犯罪，而現行刑法和刑法有關司法解釋對“重大損失”的規定并不具體，尤其是對于新形式、新內容商業秘密的價值也沒有界定標準，司法實務中對損失的計算范圍、計算方式也存在諸多困惑，價值，尤其是許多技術性商業秘密的損失計算專業性極強，因此對于“重大損失”的計算和認定是此類案件辦理中的重點也是難點問題。
(二)關于適用罪名的認定
侵犯商業秘密罪在實踐中經常與破壞生產經營罪、非法經營同類營業罪、盜竊罪、侵犯國家秘密罪之間產生區分難點，因為侵犯商業秘密的行為本身就包含著對其他生產經營者生產經營活動的破壞，也是對其他經營同類業務的生產經營者的非法競爭。商業秘密是一種秘密，被權利人采取了保護性措施，侵犯商業秘密也一定是以秘密竊取的方式獲得并進行權力濫用，因此也會產生與盜竊罪的競合。而從內容方面，商業秘密在內容上有時會關系到國家的利益和安全，某種情況下可能同時成為國家秘密，侵犯此類商業秘密也會同時觸犯了侵犯國家秘密罪。
(三)關于侵犯商業秘密罪共同犯罪認定難點問題
實踐中大多數企業對其所擁有的商業秘密都十分重視，因此也都采取了保護措施，作為單個個體來說想要侵犯商業秘密也并不是一件容易的事。對于掌握或者能夠輕易獲得商業秘密的主體來說，單個人完成侵犯商業秘密的犯罪是可能的，實踐中這種帶著原企業技術秘密、經營信息秘密等離職的也不在少數。還有一類情況是雖然不能掌握單位的商業秘密，但是與其他人聯合并事先做好各項準備工作來實施盜取侵犯商業秘密的行為，現實中企業競爭對手利用其內部員工侵犯商業秘密的共同犯罪行為十分普遍。例如惡意第三人指使他人獲取被害人的商業秘密并共同使用的，是構成共同犯罪還是以侵犯商業秘密罪論。
二、做為侵犯商業秘密罪犯罪對象的商業秘密
《刑法》第二百一十九條關于商業秘密的條件與反不正當競爭法第十條的規定完全一致，即秘密性、價值性、實用性和保密性。但是對其中“不為公眾所知悉”(秘密性)和“采取保密措施”(保密性)在刑法上的認定還存在模糊。
其一，“不為公眾所知悉”的認定。《刑法》二百一十九條所表述的“不為公眾所知悉”中“公眾”的含義較為含糊。通常認為，在現有公開發行的技術文獻中能檢索到的技術屬于公知技術，如不能檢索到，一般作為“不為公眾所知悉”的專有技術認定。但是如果從能檢索到的公知技術中通過推理、計算和簡單改進的技術是否為專有技術，在認定上有一定的難度。如果爭有只是一定范圍內和一定程度上公開，根據公開的技術加以改進和演變或進行進一步研究開發后得出與權利人一樣的技術能否認定侵權，也是辦理此類案件中經常遇到的問題。從能檢索到的公知技術中通過推理、計算和簡單改進的技術不能作為專有技術，因為所謂“專有”最重要的特征是其獨創性。如果一種技術只要是具有一般知識的人就可以從公知技術中推演出來，那就談不上有獨創性，也就無所謂“專有了”。
其二，“采取保密措施”的認定。“采取保密措施”是認定侵犯商業秘密罪的構成要件之一，達到何種程度可以認為采取了合理的保護措施，同樣是認定的難點。這些問題確實亟待作出明確的法律規定或司法解釋。就一般情況而言，如果這種改進沒有質的變化，只是數量、特性的增減，可以認定是侵權;如果發生質的變化，與原有技術相比已經有很大的飛躍，可以不認為是侵權。
從刑法理論上講，侵犯商業秘密罪是結果犯，只有侵犯商業秘密的行為給權利人造成重大損失的才構成犯罪;否則，不構成犯罪。商業秘密屬于無形財產，因此造成的損失不僅限于量的損失，還應包括一種“無形減損”，即權利人因商業秘密被侵犯而在實際上遭受的競爭優勢和競爭能力等的喪失。
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