嚴格意義上應當按照《醫療機構執業許可證》上標注的名稱開票，但在實際運行中對于有限公司型的醫療機構，也可以按照營業執照上所標注的名稱開票，但必須核實確定屬于同一家單位（有些《醫療機構執業許可證》上有標注第二名稱的那是最好），并與公章名稱一致。
二、營利性醫療機構是否需要辦理營業執照？
1、《關于城鎮醫療機構分類管理的實施意見》規定:“取得《醫療機構執業許可證》的營利性醫療機構,按照有關法律法規還需到工商行政管理、稅務等有關部門辦理相關登記手續。”
2、國家工商局《關于醫療機構登記問題的答復》中規定:
(1)依據《企業法人登記管理條例》第28條、第35條第2款的規定,對由國家核撥經費的醫療機構,可以不登記注冊;凡國家不再核撥經費,實行企業化經營的事業單位,包括醫療機構,均應辦理登記注冊。
(2)凡是從事醫療業務的各類企業,包括實行股份制、獨資、合作、合作經營的,均應辦理登記注冊。
3、國務院發布的《醫療機構管理條例》,對營利性醫療機構的市場準入條件規定為:“單位或者個人設置醫療機構,必須經縣級以上地方人民政府衛生行政部門審查批準,并取得設置醫療機構批準書,方可向有關部門辦理其他手續”。
三、什么是營利性醫療機構？
營利性醫療機構指醫療服務所得收益可用于投資者經濟回報的彌補醫療機構。政府不舉辦營利性醫療機構。
營利性醫療機構提供的醫療服務實行市場調節價，醫療機構根據實際服務成本和市場供求情況自主制訂價格。非營利性醫療機構提供的醫療服務實行政府指導價，醫療機構按照價格主管部門制訂的基準價并在其浮動幅度范圍內確定本單位的實際醫療服務價格。
綜上所述，營利性醫療機構在進行工商登記的時候，可能由于經辦人疏忽，導致發生營利性醫療機構和營業執照的名稱不一致的情況。像這種情況，藥品生產商為其開具發票的時候，應該嚴格按照《醫療機構執業許可證》上標注的機構名稱開票。如果按照營業執照開票，則必須要證實是同一家單位。
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