股權轉讓協議一般自雙方簽字或蓋章之日起生效，股權轉讓款的交割和變更手續的辦理在協議生效之后。
實踐中，大多數民營中小企業的股權轉讓款支付一般在簽訂合同后支付一部分，在辦理完畢變更手續后支付一部分，在 企業證照交割后交付一部分，最后保留一部分尾款。
二、股權轉讓的一般程序
根據我國現行法律、法規及行政規章的規定:股權轉讓的程序主要如下：
1、召開公司股東大會，研究股權出售和收購股權的可行性，分析出售和收購股權的目的是否符合公司的戰略發展，并對收購方的經濟實力經營能力進行分析，嚴格按照公司法的規定程序進行操作。
2、聘請律師進行律師盡職調查。
3、出讓和受讓雙方進行實質性的協商和談判。
4、 出讓方(國有、集體)企業向上級主管部門提出股權轉讓申請，并經上級主管部門批準。
5、評估、驗資(私營有限公司也可以協商確定股權轉讓價格)。
6、 出讓的股權屬于國有企業或國有獨資有限公司的，需到國有資產辦進行立項、確認，然后再到資產評估事務所進行評估。 其他類型企業可直接到會計事務所對變更后的資本進行驗資。
7、 出讓方召開職工大會或股東大會。 集體企業性質的企業需召開職工大會或職工代表大會，按照《中華人民共和國工會法》規定的程序形成職代會決議。 有限責任公司需召開股東(部分)大會，并形成股東大會決議，按照公司章程規定的程序和表決方法通過并形成書面的股東會決議。
8、 股權變動的公司需召開股東大會，并形成決議。
9、 出讓方和受讓方簽定股權轉讓合同或股權轉讓協議。
10、 由產權交易中心審理合同及附件，并辦理交割手續(私營有限公司可不需要)。
11、 到各有關部門辦理變更、登記(包括動產、不動產及知識產權)等手續。
《公司法》第七十一條 有限責任公司的股東之間可以相互轉讓其全部或者部分股權。
股東向股東以外的人轉讓股權，應當經其他股東過半數同意。股東應就其股權轉讓事項書面通知其他股東征求同意，其他股東自接到書面通知之日起滿三十日未答復的，視為同意轉讓。其他股東半數以上不同意轉讓的，不同意的股東應當購買該轉讓的股權;不購買的，視為同意轉讓。
經股東同意轉讓的股權，在同等條件下，其他股東有優先購買權。兩個以上股東主張行使優先購買權的，協商確定各自的購買比例;協商不成的，按照轉讓時各自的出資比例行使優先購買權。
公司章程對股權轉讓另有規定的，從其規定。
股權轉讓的流程一般是先簽訂股權轉讓協議，再收取股權轉讓款。股權轉讓雙方都需要規避股權轉讓過程中的風險，對股權轉讓當事人而言，最好的股權轉讓流程應該是雙方先簽訂股權轉讓協議，由受讓方先支付一部分的股權轉讓款，在股權變更手續辦理完成之后再交付剩余部分的款項，雙方應在協議中進行約定 ，萬一產生糾紛，可以有效地保障自己的合法權益。
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