為了跟上經濟發展的快速步伐，事業單位作為社會發展的主要力量，需要改革創新，根據自身功能轉型成為合適的企業。事業單位人員包括許多醫護人員和高校教師，他們承擔著社會醫療衛生、教育領域的職能。事業單位所屬企業改制中除員工安置外還應做好清算、公開工作。以下是改制需要做的工作：
一、依法開展改制單位的清產核資工作
事業單位自身的資產產權界定、資產評估本身就是一個十分敏感而又引人關注的問題，特別是有些事業單位由于歷史的原因，擁有的資產數額十分龐大，這個問題就更加突出。因此如何保證清產核資工作的順利進行，防止某些人利用改制、轉制之機，以各種非法手段侵吞公有資產，是擺在各級領導面前的一個必須認真對待的問題。我們認為，只有加強法律監督和控制，才能有效的保證清產核資工作的正常開展。
1、改制單位的上級主管部門應加強對清產核資工作的指導和監督，在改制單位申請資產評估立項后，由主管部門委托具有資質的中介機構對改制單位進行資產評估。
2、對涉及到改制單位產權界定、產權交易、資產處置方案的制訂、改制單位的股權結構設置、資產轉讓等行為，應由律師出具法律意見書，確保整個改制、轉制流程的合法性。
3、加強民主監督，資產的評估結果、處置方案等須交由職工大會審議。
4、對發生在轉制過程中的違法犯罪行為必須依法處理。對于在轉制、改制過程中隱匿資產的行為，一經發現，就要依法追究當事人法律責任。對于中介機構在承辦業務時，同改制單位串通作弊、弄虛作假或隱瞞不報，出現重大疏漏、嚴重誤導等導致國有資產重大流失、侵害其他產權主體合法權益的，也應依法追究責任。
二、改制方案的制定要堅持“三公”原則
和職工民主管理同國有企業改制一樣，事業單位在改制過程中涉及的改制、轉制方案的制訂實施應堅持公開、公平、公正的原則，必須事先將改制方案提交職工(代表)大會審議通過。這既是在政治上保證職工群眾的主人翁地位，調動廣大職工的積極性和創造性，也是在制度上落實職工群眾參與民主管理、民主監督。如果這項工作做得不好，往往會影響改制的正常進行，甚至還會給社會帶來不穩定的因素。第一、應做好單位職工的思想工作，讓職工群眾真正理解改制的內涵，使他們主動參予到改制過程中來，保證改制工作的順利進行。第二、應依法召開職工(代表)大會，對于清產核資的結果、改制方案等交由職工大會做成規范的決議第三、在改制過程中切實注意保護職工的合法權益，對涉及職工切身利益的決定應交由工會和職工大會討論并形成決議。
三、根據單位不同情況決定企業形式
由于事業單位具有分布較廣、類型復雜等特點，在轉制、改制過程中不能就改制單位的形態進行“一刀切”，而是要根據各個單位的不同特點來決定其改制的形式;從改制單位的股權設置角度來說，也不能片面強調國有資本全部退出，而要根據各單位的不同情況，在鼓勵經營者持大股的前提下，有選擇的保留部分國有股份。根據大多數事業單位的實際情況，按照現代企業制度的要求，改制為有限責任公司是一種常見的做法。有限責任公司具有注冊資本要求較低、設立程序簡單、出資方式靈活、治理結構設置靈活、改制成本低等特點，比較適合于那些參股人數較少、企業資產不是很多的企業。改制成有限責任公司可以從產權制度改革上一步到位，有利于企業的經營層、主要經營者和業務骨干持大股。股份合作制企業是我國由計劃經濟向市場經濟轉軌過程中發展出來的、獨具中國特色的企業組織形式。這種組織形式在歷史上具有積極的意義，但總的來說，仍然是向現代企業制度過渡的一種中間形態。隨著社會主義市場經濟的發展和企業規模的壯大，目前許多股份合作制企業正走向規范的股份制。因此，我們認為，除了對那些職工入股愿望強烈、人數較多的單位外，一般不宜再采用這類組織形式。
對于那些資產規模大、經濟效益好的單位，股份有限公司則是最佳的選擇。在設立股份有限公司時，
我們認為有必要保留部分國有股份，同時也應積極吸收社會上的各種投資基金的介入。這樣，既能有效地
保證國有資產的保值和增值，也能更深地加強企業同資本市場的聯系，使企業具有更強的生命力。
四、建立完善的企業治理結構
此次事業單位改制的總體目標是建立真正自主經營、自負盈虧、自我發展、自我約束的獨立的企業法人實體，那么在改制過程中就應該按照現代企業制度的要求來完善企業的治理結構，保證企業未來的正常運轉。
在現代企業制度中，股東會、董事會、監事會、經理層各司其職、各行其權。然而，我國的國有企業中普通存在的嚴重“內部人控制”、國有股權代表人缺位、董事會與監事會監督功能弱化等問題，往往容易導致國有資產的流失。因此本次事業單位改制，在改制企業的公司治理結構的設置上應注意以下幾點：
1、依法建立完善的股東會、董事會、監事會，制訂具有明確可操作性的企業章程和議事規則。這首先從制度上構成了公司治理結構得以順利運行的保證。
2、在企業內實行決策層和執行層的分離。一般來說，應盡量做到企業董事長、總經理分設，限制董事會中的經營人員人數，防止形成“內部人控制”的現象。
3、完善對企業經營者的監督機制。企業的董事會成員中應包含一定數量的獨立董事，以外部監事
為監事會的主要組成成員，依法加強董事會和監事會對經營層的監督。
五、建立新型內部用人制度
事業單位原有的人事制度并不適合于企業，因此市政府21號文中提出了要切實創新內部用人用工、收入分配機制。
所有單位與職工都要按照國家有關法律、法規的規定，在平等自愿、協商一致的基礎上，通過簽訂勞動合同，明確單位和個人的人事關系和權利義務關系，實現事業單位人事管理由身份管理向崗位管理轉變，
要建立形式多樣、自主靈活的分配激勵機制也是此次改革的重要內容。對于企業經營者，要將短期激勵報酬同長期激勵報酬相結合，可以采取年薪制或股票期權等方式;對于職工，除實行崗績工資制度外，在條件具備的情況下還可以實行職工持股制度，充分調動職工的積極性。
承擔行政、生產、公益的事業單位可改制為行政機構、一般企業和公益性企業。事業單位所屬企業改制進行清算工作時為防止被人私吞財產，應做好法律監督工作，讓中介機構和律師參與方案制定。為保障順利進行，應向員工公開，告知員工與其相關的問題一定會解決。民主監督外，企業內部成立監督組織如股東會可保證順利運轉。新興企業建立激勵制度可激發員工積極性。
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