管轄上，有管轄權的地方可能有四個：被告所在地、運輸始發地、運輸目的地。因為根據合同法第三百一十三條：兩個以上承運人以同一運輸方式聯運的，與托運人訂立合同的承運人應當對全程運輸承擔責任。損失發生在某一運輸區段的，與托運人訂立合同的承運人和該區段的承運人承擔連帶責任。在單式聯運的情況下，可能突破合同的相對性發生連帶責任，于是可有兩個被告，亦即可能有兩個被告所在地。另外，法律并未規定貨物必須實際運輸了才可適用始發地與目的地管轄。
如上所述，單式聯運下產生連帶責任。實際上這種情況還是相當普遍的，多數運輸公司都是將貨物又交由他人運輸。很多運輸公司就是一種代理公司或負責配貨的信息部。所以，這時，可根據管轄或執行的方便而選擇被告，只起訴第一承運人的情況也很常見。
這類糾紛有一個現象很有意思：即按合同法，托運人才是合同當事人。收貨人不是，類似于為第三人利益的合同。因此收貨人收不到貨的情況下，仍只能由托運人起訴。但是我們注意到：在收貨人與托運人是買賣關系時(這種情況占多數)，如為代辦托運(亦很常見)，則一旦貨交承運人，交付即完成，風險即轉移。之后無論發生什么情況，無損托運人利益。所以，在出現貨物丟失等情況時，受損的是收貨人，可是卻只有托運人能起訴。當然，這在理論上仍有爭議，但通說如此。
另外，如前所述，有不少運輸公司并不實際組織運輸，而是轉手由他人運輸。所以可能會主張其只是代理人，與托運人之間是委托關系，而委托關系是過錯責任。這需要根據托運單來確定，一般情況下這樣的運輸公司出具的仍然是標準的托運單，因而主張按委托代理處理沒有事實依據。我們可以通過比較委托關系與運輸關系來區分這一點。還有一點，就算該公司只有貨運代理的經營范圍亦不影響，因為根據最高人民法院關于合同法的解釋，公司超越經營范圍簽訂的合同一般情況下仍然有效。
二、貨物丟失或受損情況
在貨物丟失或受損的情況下，有兩種案由可供選擇。托運人作為合同當事人按貨物運輸合同糾紛起訴，或由貨物所有人(經常是收貨人，如上所分析)按侵權糾紛起訴。但在后一種情況下，只能選擇貨物在其手中受損的承運人起訴。(當然，如果是被第三人損壞，也可起訴該第三人)作侵權糾紛起訴時，除管轄、原被告均有不同外，值得注意的一點是：歸責責任不同。侵權糾紛是過錯責任。而違約責任是無過錯責任。所以如果不能證明確屬被告過錯(比如貨物被冒領，被偷)，或原告亦有過錯時，按貨物運輸合同糾紛起訴較為有利。
三、實體方面(這里僅指以運輸合同糾紛案由訴訟時)
根據合同法第三百一十一條規定：承運人對運輸過程中貨物的毀損、滅失承擔損害賠償責任，但承運人證明貨物的毀損、滅失是因不可抗力、貨物本身的自然性質或者合理損耗以及托運人、收貨人的過錯造成的，不承擔損害賠償責任。因此，在此三種免責事由之外的任何情形，承運人均需賠償，包括貨物被盜、車禍、被冒領、不知原因的丟失等情形。
在實體上我認為比較值得注意的有兩點：
1、是否能證明貨物價值。一般而言，證據主要有收貨人與托運人之間的買賣合同等書證，收貨人向托運人給付貨款的收據或發票，再與托運單上的內容相對照，如果吻合，則證據基本足夠。如果沒有貨款收據或發票，在起訴前不妨叫當事人開具一張(當然，不是造假)。
2、托運單上的免責條款問題。幾乎目前所有的托運單上均有免責條款，寫明自己買保險，如出事，賠款不超過運費的三倍云云。但也可以說幾乎所有司法實踐均否定了這種格式條款。其違法之處有這些：1、根據合同法第五十三條，免除因故意或重大過失造成對方財產損失的免責條款無效。在承運人有重大過錯時，顯然無效。2、違反關于格式條款的規定。合同法第40條規定，提供格式條款一方免除其責任、加重對方責任、排除對方主要權利的，該條款無效。上述免責條款顯然屬于免除己方責任、排除對方主要權利。同時合同法第39條規定了公平原則及提供方需以合理方式提請對方注意，這也有可能被違反。
至于要求托運人買保險顯然無理。略作幾點辯駁：
1、托運人在很多情況下，對貨物沒有可保利益(如上述代辦托運的情況下)
2、買不買保險是托運人跟保險公司之間的事，不影響托運人與承運人之間的責任，就算買了保險，別忘了保險公司還有追償權;
3、不妨舉個例子。假如甲對乙說：我打壞你的東西可以不賠。這顯然無理。但假如甲對乙說：你應該給你的財產上保險。這樣我打壞你的東西你可以向保險公司索賠，但我不賠。這是不是同樣荒謬呢?而前述免責條款何其相似。
三、其他解決途徑
由此可見，如果承運人要規避風險，靠上述免責條款是不行的，必須選擇其他途徑：
1、最簡單的當然是購買責任保險;
2、在托運單上要求托運人詳細列明貨物及價格，這會對其要求索賠構成約束;
3、在2的基礎上，保價運輸是目前最常用的手段。因保價運輸對托運人與承運人是公平的，貨物價值越大，承運人的風險越大，因此托運人需支付更多運費，這體現了權利與義務一致的原則，所以在司法實踐中一般被認可。當然，保價條款同樣是格式條款，應當遵循格式條款的規定，以合理的方式提請托運人注意，應該讓托運人在該條款處簽字。
四、證據規則
根據證據規則。證明已履行合同義務由債務人一方負責，因此如果承運人無法舉出證據證明收貨人已收到貨，則視為未收到貨。所以承運人一方應有基本的收貨手續，一般而言，應由收貨人提供身份證復印件，并簽名。當然，如果有貨物回單是最好的，但這比較麻煩。生活實際中，有一些小貨運部甚至毫無收貨手續，只是打個電話叫收貨人來領貨即可，這是有極大的風險的。一旦收貨人不承認，僅憑電話記錄證明力是極其有限的。
從上文中，我們可以看到，貨物運輸合同管轄在運輸時會發揮非常重要的作用，希望您不要忽視。規范管理運輸，不僅能夠保障運輸人員的安全，也能夠保障托運人員的錢物安全，可以減少運輸時糾紛的發生，合理高效，減少損失。如果您還想了解更多關于貨物運輸合同管轄方面的法律信息，可以咨詢江門律師。
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