合資經(jīng)營(yíng)企業(yè)和合作經(jīng)營(yíng)企業(yè)在法律上最大的區(qū)別是：合資企業(yè)是根據(jù)合資各方的出資比例分享收益，而合作企業(yè)的利潤(rùn)分配比例通常卻是在合作合同中事先約定。實(shí)踐中，合作企業(yè)通常的做法是在合作前期外方分得較高比例的利潤(rùn)，合作期滿后，企業(yè)的固定資產(chǎn)則無(wú)償歸中方所有，不進(jìn)行清算。《合作經(jīng)營(yíng)企業(yè)法實(shí)施條例》第４４條規(guī)定，外國(guó)投資者除了可以以較高的比例分享利潤(rùn)外，經(jīng)過(guò)有關(guān)稅務(wù)機(jī)關(guān)和審批機(jī)關(guān)的審查批準(zhǔn)，還可以以其它方式收回投資，包括加速計(jì)提折舊。
總之，合作企業(yè)的最大優(yōu)點(diǎn)在于其出資和利潤(rùn)分配方面的靈活性。在中國(guó)改革開(kāi)放的早期，這種方式曾被廣泛應(yīng)用，特別是在賓館飯店行業(yè)中。但對(duì)于回收期較長(zhǎng)的項(xiàng)目如基礎(chǔ)建設(shè)和制造業(yè)，這種方式通常被認(rèn)為是不適用的。
另外，合資經(jīng)營(yíng)企業(yè)必須是以有限責(zé)任形式設(shè)立的企業(yè)法人，而《合作企業(yè)法》及其實(shí)施條例則提供了設(shè)立不具備法人資格合作企業(yè)的可能性。
選擇設(shè)立具備法人資格的合作企業(yè)還是不具備法人資格的合作企業(yè)？
《合作經(jīng)營(yíng)企業(yè)法》第２條規(guī)定，合作企業(yè)如果符合條件，可申請(qǐng)取得法人資格。也就是說(shuō)，合作企業(yè)也可以申請(qǐng)以非獨(dú)立法人的形式設(shè)立。第４條更進(jìn)一步明確指出，合作企業(yè)包括具備和不具備法人資格兩種形式。因此，如果外國(guó)投資者希望設(shè)立合作企業(yè)，就有以上兩種方式可供選擇。
不具有法人資格的合作企業(yè)除了必須遵守《合作經(jīng)營(yíng)企業(yè)法》一般性條款的規(guī)定外，還必須遵守《合作經(jīng)營(yíng)企業(yè)法實(shí)施條例》中專門章節(jié)（即第９章）的規(guī)定。從法律角度看，不具有法人資格的合作企業(yè)實(shí)際上同普通法系國(guó)家的合伙企業(yè)沒(méi)有什么區(qū)別。根據(jù)《合作經(jīng)營(yíng)企業(yè)法實(shí)施條例》第９章的規(guī)定，不具備法人資格的合作企業(yè)依照中國(guó)民法有關(guān)規(guī)定承擔(dān)民事責(zé)任。也就是說(shuō)，合作企業(yè)不受有限責(zé)任的法律條款的保護(hù)。合作各方對(duì)合作企業(yè)的債務(wù)負(fù)連帶無(wú)限責(zé)任。同時(shí)，合作各方也可以單獨(dú)或共同以自己的名義擁有合作經(jīng)營(yíng)的資產(chǎn)。而且，除了合作企業(yè)的帳簿外，合作各方也可以設(shè)立單獨(dú)的帳簿。雖然，《合作經(jīng)營(yíng)企業(yè)法實(shí)施條例》沒(méi)有明確規(guī)定，但合作企業(yè)利潤(rùn)可以在稅前分配，然后各方按各自分得收入的比例分別納稅的做法已是人人皆知（同時(shí)各方還可以利用為外商投資企業(yè)所提供的稅收優(yōu)惠）。
通過(guò)以上討論我們可以看出，不具有法人資格的合作企業(yè)的最大好處在于其利潤(rùn)可在稅前進(jìn)行分配，而后由合作各方分別向有關(guān)的稅務(wù)當(dāng)局交稅。這一規(guī)定非常有助于外國(guó)投資者在其所屬國(guó)稅法（及其與中國(guó)的稅收條約）允許的前提下，進(jìn)行更為靈活的稅務(wù)安排并從中受益。
另一方面，不具有法人資格的合作企業(yè)的最大弊處在于它的無(wú)限責(zé)任性質(zhì)。這一弊處有時(shí)會(huì)使得外國(guó)投資者承擔(dān)不必要的風(fēng)險(xiǎn)。隨著日益增多的產(chǎn)品責(zé)任和環(huán)境責(zé)任訴訟，充分考慮無(wú)限責(zé)任這一風(fēng)險(xiǎn)并非杞人憂天。為此，外國(guó)投資者在考慮是否設(shè)立不具有法人資格的合作企業(yè)這一問(wèn)題上，不得不充分權(quán)衡利弊。
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